根据《中共中央办公厅 国务院办公厅关于印发〈内蒙古自治区人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字[2009]4号）精神，设内蒙古自治区食品药品监督管理局，为自治区卫生厅管理的部门管理机构。

职能调整：（一）取消已由自治区人民政府公布取消的行政审批事项。（二）将药品、医疗器械等技术评审和认证工作交给事业单位。（三）将综合协调食品安全和组织查处食品安全重大事故的职责划给自治区卫生厅。（四）将自治区卫生厅食品卫生许可、餐饮业和食堂等消费环节（以下简称消费环节）食品安全监督管理、保健食品和化妆品卫生监督管理等职责，划入自治区食品药品监督管理局。

主要职责：（一）贯彻执行国家食品、药品、保健食品、化妆品和消费环节食品安全监督管理的方针、政策、规划和法律、法规、规章；研究拟订全区药品和消费环节食品安全监督管理、保健食品和化妆品卫生监督管理的政策、工作规划并监督实施；参与起草自治区相关地方性法规规章草案。（二）负责消费环节食品卫生许可和食品安全监督管理，监督实施消费环节食品安全管理规范；组织开展消费环节食品安全状况调查和检测工作，发布与消费环节食品安全监管有关的信息。（三）负责保健食品、化妆品的审核工作，负责保健食品、化妆品卫生许可、行政监督管理和技术监督；监督实施国家保健食品、化妆品卫生标准、生产经营管理规范和技术规范、组织开展对保健食品、化妆品的检测和评价工作；负责保健食品、化妆品检验检测机构的监督管理工作。（四）负责药品、医疗器械行政监督和技术监督，监督实施药品和医疗器械砚枝、生产、流通、使用方面的质量管理工作。依法核发药品、医疗器械生产企业、经营企业以及医疗单位制剂室许可证。（五）负责药品、医疗器械的注册和监督管理，监督实施国家药品、医疗器械标准、组织开展药品不良反应、医疗器械不良事件和药物滥用监测工作；负责药品、医疗器械的再评价和淘汰工作；配合有关部门实施国家基本药物制度；负责区内国家处方药与非处方药分类管理制度的组织实施。（六）负责组织实施重要、民族药监督管理，组织拟定自治区蒙药质量标准，监督实施中药材生产质量管理、中药饮片炮制等规范。衣服实施重要品种保护制度。（七）监督检验生产，经营企业和医疗机构的药品，医疗器械质量，发布自治区药品、医疗器械质量安全信息；依法审批药品、医疗器械、保健食品、化妆品广告；按权限审批互联网药品信息和交易服务资格；发布违法药品、医疗器械和保健食品、化妆品广告公告。（八）组织查处保健食品、化妆品和消费环节食品安全方面的违法行为，以及在研制、生产、流通、使用药品、医疗器械方面的违法行为。（九）负责药品行政保护工作，指导全区药品、医疗器械、药品包装材料和容器检验机构、药品评审机构、医疗器械质量体系认证（评审）机构、医疗器械产品注册审评机构的业务工作。（十）监督管理麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品、易制毒化学品、药源性兴奋剂及特种药械；承担药品、医疗器械和消费环节食品安全突发事件应急处理、风险评估及药品、医疗器械召回的监督管理。（十一）监督实施药品批发、零售企业管理制度和处方药、非处方药、中蒙药材、中药饮片的购销规则；负责医疗机构药械使用环节的监督管理；负责中蒙药材集贸市场和各类药品交易会的监督管理。（十二）指导盟市食品药品监督管理局对消费环节的食品安全监督管理和药品、医疗器械、保健食品、化妆品研制、生产、流通、使用环节的监督管理工作。（十三）承办自治区人民政府和自治区卫生厅交办的其他事项。